La recherche de plans d'échantillonnage intégrant au mieux une information auxiliaire a donné lieu à une activité de recherche élargie aux problèmes d'inférence dans le modèle linéaire en présence de données incomplètes. Une partie des travaux sur ce thème sont donc centrés sur des configurations très particulières de données manquantes présentant un intérêt dans l'optique de la prise en compte de variables auxiliaires alors qu'une autre partie, plus théorique, vise à proposer des démarches d'inférence pour des configurations arbitrairement complexes de données manquantes. D'un point de vue méthodologique, l'approche utilisée s'apparente aux stratégies MIVQUE utilisées pour l'estimation des composantes de la variance de modèles mixtes.

Deux facteurs sont dits homologues lorsqu'il existe une correspondance naturelle entre les modalités de chacun d'entre eux. Les situations faisant intervenir de tels facteurs sont nombreuses et variées : les dispositifs diallèles où les facteurs sont les génotypes parentaux aux modalités similaires pour les génotypes de la mère et du père, les dispositifs de comparaison par paires où les objets comparés sont considérés comme deux facteurs ayant les mêmes modalités, ...
Notre objectif est de proposer un modèle de l'interaction traduisant l'homologie entre les facteurs par l'intermédiaire d'une distance entre les modalités des facteurs. Ce type d'approche a par exemple permis de proposer une extension du modèle de Bradley-Terry pour les comparaisons par paires tenant compte d'une forme d'intransitivité de la préférence.